公司年檢的主管機關(guān)是公司上海注冊公司機關(guān)。在我國，根據(jù)《公司上海注冊公司管理條例》規(guī)定，公司上海注冊公司機關(guān)是國家工商行政管理總局及地方各級工商行政管理局。因此，在我國，公司年檢的具體主管機關(guān)是國家工商行政管理總局和地方各級工商行政管理局。
我國公司年檢管轄實行“誰上海注冊公司，誰主管”的原則，即公司的年檢原則上由原上海注冊公司機關(guān)管轄。此外，我國還以委托管轄作補充。根據(jù)《企業(yè)年度檢驗辦法》第4條規(guī)定，上級公司上海注冊公司機關(guān)有權(quán)將自己核準上海注冊公司的公司的年檢委托給下級公司上海注冊公司機關(guān)管轄。

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